Cea mai veche farmacie din Cluj, “La Sfântul Gheorghe”, este atestată pentru prima dată documentar în anul 1573. În primele secole de funcţionare ea se afla sub jurisdicţia oraşului, dar în secolul al XVIII-lea a devenit proprietate privată. Pentru perioada dintre 1727 şi 1949 s-a putut reconstitui succesiunea neîntreruptă a proprietarilor acesteia: Alexander Schwartz (1727-1749), Tobias Maucksch (1752-1802), Tobias Samuel Maucksch (1802-1805), Johann Martin Maucksch (1805-1817), urmat de văduva acestuia (1817-1822), Daniel Szlaby şi moştenitorii săi (1822-1863) şi de familia de farmacişti Hintz (1863-1949).

La originea acestui muzeu se află colecţia de obiecte farmaceutice transilvănene a profesorului Iuliu Orient (1869-1940), expusă în anul 1904 într-una dintre sălile Muzeului Ardelean. Această colecţie a fost donată muzeului, fiind îmbogăţită pe parcursul timpului prin alte donaţii valoroase care ilustrează activitatea farmaceutică din Transilvania între secolele  XVI-XIX .
Profesorul Bologa, şeful catedrei de Istoria Medicinei şi Farmaciei din cadrul Facultăţii de Medicină şi Farmacie din Cluj, a fondat în anul 1954 Muzeului Farmaciei, care a fost organizat şi panotat efectiv de Dr. Izsak Samuel. Ulterior, Muzeul Farmaciei a primit numele de Colecţia de Istorie a Farmaciei, fiind subordonată Muzeului Naţional de Istorie a Transilvaniei.

Structura farmaciei medievale transilvănene este similară cu cea a altor farmacii din Europa acelor timpuri. În Oficina, încăperea cea mai decorată,  se vindeau medicamentele şi se trata cu clienţii. Laboratorul, unde se preparau medicamente, era amplasat iniţial în subsolul imobilului. O altă încăpere, Camera materialelor, era destinată depozitării materiilor prime folosite şi a medicamentelor. La etaj locuia farmacistul împreună cu familia, asistentul, şi servitorii, iar în pod se uscau şi se depozitau plante - etajul şi podul nu fac parte din muzeu, deci nu pot fi vizitate, dar în partea din spate a imobilului se poate vedea, la nivelul acoperişului, deschiderea pentru scripeţii fosiţi pentru ridicarea sacilor cu materii vegetale.

În munca lor, farmaciştii se inspirau din diferite farmacopei, dispensatorii precum şi din alte cărţi vechi în care era trecută, în cele mai mici detalii, tehnica de realizare a fiecărui produs farmaceutic.
Pe lângă mobilier şi lucrări de profil, în muzeu este expusă o impresionantă colecţie de vase farmaceutice, realizate din diverse materiale, aparatură de laborator, precum şi o serie de ingrediente folosite de-a lungul timpului, inclusiv celebrul Praf de Mumie.